MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Leuconostoc citreum KM20 plasmid pLCK3

Total Repeats: 434

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010467	TAT	2	6	11	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010467	TTTAA	2	10	171	180	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010467	ATA	2	6	200	205	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010467	TGAA	2	8	325	332	50 %	25 %	25 %	0 %	170016274
5	NC_010467	ATA	2	6	358	363	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170016274
6	NC_010467	T	7	7	494	500	0 %	100 %	0 %	0 %	170016274
7	NC_010467	CAA	2	6	515	520	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170016274
8	NC_010467	AAG	2	6	535	540	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170016274
9	NC_010467	A	6	6	547	552	100 %	0 %	0 %	0 %	170016274
10	NC_010467	T	7	7	566	572	0 %	100 %	0 %	0 %	170016274
11	NC_010467	A	6	6	579	584	100 %	0 %	0 %	0 %	170016274
12	NC_010467	TTA	2	6	607	612	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170016274
13	NC_010467	CTTA	2	8	691	698	25 %	50 %	0 %	25 %	170016274
14	NC_010467	AAT	2	6	711	716	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170016274
15	NC_010467	ACA	2	6	722	727	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170016274
16	NC_010467	CAAT	2	8	800	807	50 %	25 %	0 %	25 %	170016274
17	NC_010467	GA	3	6	836	841	50 %	0 %	50 %	0 %	170016274
18	NC_010467	TGA	2	6	911	916	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170016274
19	NC_010467	A	6	6	940	945	100 %	0 %	0 %	0 %	170016274
20	NC_010467	TGAA	2	8	952	959	50 %	25 %	25 %	0 %	170016274
21	NC_010467	AC	3	6	980	985	50 %	0 %	0 %	50 %	170016274
22	NC_010467	A	6	6	1014	1019	100 %	0 %	0 %	0 %	170016274
23	NC_010467	GAT	2	6	1071	1076	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170016274
24	NC_010467	GAT	2	6	1092	1097	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170016274
25	NC_010467	AAG	2	6	1126	1131	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170016274
26	NC_010467	TAT	2	6	1201	1206	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170016274
27	NC_010467	A	7	7	1227	1233	100 %	0 %	0 %	0 %	170016274
28	NC_010467	AT	3	6	1322	1327	50 %	50 %	0 %	0 %	170016274
29	NC_010467	A	6	6	1352	1357	100 %	0 %	0 %	0 %	170016274
30	NC_010467	A	6	6	1377	1382	100 %	0 %	0 %	0 %	170016274
31	NC_010467	TGA	2	6	1464	1469	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170016275
32	NC_010467	AAGC	2	8	1483	1490	50 %	0 %	25 %	25 %	170016275
33	NC_010467	TCAA	2	8	1519	1526	50 %	25 %	0 %	25 %	170016275
34	NC_010467	A	7	7	1545	1551	100 %	0 %	0 %	0 %	170016275
35	NC_010467	GAC	2	6	1651	1656	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170016275
36	NC_010467	A	6	6	1660	1665	100 %	0 %	0 %	0 %	170016275
37	NC_010467	AAAG	2	8	1731	1738	75 %	0 %	25 %	0 %	170016275
38	NC_010467	CAA	2	6	1762	1767	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170016275
39	NC_010467	A	6	6	1786	1791	100 %	0 %	0 %	0 %	170016275
40	NC_010467	AGA	2	6	1797	1802	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170016275
41	NC_010467	TAA	2	6	1872	1877	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170016275
42	NC_010467	AGA	2	6	1890	1895	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170016275
43	NC_010467	ATC	2	6	1901	1906	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170016275
44	NC_010467	TCTAAA	2	12	1915	1926	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	170016275
45	NC_010467	GTG	2	6	1929	1934	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	170016275
46	NC_010467	TAAA	2	8	1944	1951	75 %	25 %	0 %	0 %	170016275
47	NC_010467	A	6	6	1959	1964	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010467	TGAT	2	8	1975	1982	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010467	TGT	2	6	2074	2079	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_010467	TTA	2	6	2089	2094	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010467	TGA	2	6	2176	2181	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170016276
52	NC_010467	TAT	2	6	2248	2253	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170016276
53	NC_010467	AAT	2	6	2258	2263	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170016276
54	NC_010467	GCT	2	6	2264	2269	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170016276
55	NC_010467	CTG	2	6	2343	2348	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170016276
56	NC_010467	CTT	2	6	2370	2375	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170016276
57	NC_010467	TAT	2	6	2432	2437	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170016276
58	NC_010467	A	6	6	2452	2457	100 %	0 %	0 %	0 %	170016276
59	NC_010467	T	6	6	2458	2463	0 %	100 %	0 %	0 %	170016276
60	NC_010467	A	6	6	2475	2480	100 %	0 %	0 %	0 %	170016276
61	NC_010467	AT	3	6	2487	2492	50 %	50 %	0 %	0 %	170016276
62	NC_010467	AT	3	6	2502	2507	50 %	50 %	0 %	0 %	170016276
63	NC_010467	TAT	2	6	2520	2525	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170016276
64	NC_010467	CATAAA	2	12	2533	2544	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	170016276
65	NC_010467	GAT	2	6	2570	2575	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170016276
66	NC_010467	T	6	6	2595	2600	0 %	100 %	0 %	0 %	170016276
67	NC_010467	TTC	2	6	2653	2658	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170016276
68	NC_010467	AT	3	6	2697	2702	50 %	50 %	0 %	0 %	170016276
69	NC_010467	ATT	2	6	2728	2733	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170016276
70	NC_010467	TTG	2	6	2793	2798	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170016276
71	NC_010467	AGA	2	6	2803	2808	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170016276
72	NC_010467	TAATAG	2	12	2809	2820	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	170016276
73	NC_010467	TA	3	6	2937	2942	50 %	50 %	0 %	0 %	170016276
74	NC_010467	TAT	2	6	2966	2971	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170016276
75	NC_010467	GATAT	2	10	3028	3037	40 %	40 %	20 %	0 %	170016276
76	NC_010467	TAA	2	6	3062	3067	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010467	AGT	2	6	3073	3078	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010467	CGT	2	6	3215	3220	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_010467	A	7	7	3243	3249	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010467	T	8	8	3275	3282	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_010467	GGTT	2	8	3288	3295	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_010467	ATT	2	6	3296	3301	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010467	GAT	2	6	3318	3323	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_010467	A	7	7	3340	3346	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010467	T	6	6	3372	3377	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_010467	T	7	7	3452	3458	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_010467	CT	3	6	3503	3508	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_010467	T	6	6	3564	3569	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_010467	ATCTA	2	10	3636	3645	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_010467	TAA	2	6	3653	3658	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_010467	AAT	2	6	3663	3668	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010467	TCA	2	6	3749	3754	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_010467	AC	3	6	3767	3772	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_010467	CA	3	6	3773	3778	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_010467	TGG	2	6	3784	3789	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_010467	A	8	8	3801	3808	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_010467	TTG	2	6	3858	3863	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_010467	TA	3	6	3879	3884	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_010467	TTTG	2	8	3920	3927	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
100	NC_010467	TGA	2	6	3980	3985	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_010467	AACA	2	8	3998	4005	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_010467	AAT	2	6	4044	4049	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170016277
103	NC_010467	CTTT	2	8	4063	4070	0 %	75 %	0 %	25 %	170016277
104	NC_010467	TTTTCT	2	12	4077	4088	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	170016277
105	NC_010467	AATT	2	8	4136	4143	50 %	50 %	0 %	0 %	170016277
106	NC_010467	GTT	2	6	4147	4152	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170016277
107	NC_010467	TAA	2	6	4175	4180	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170016277
108	NC_010467	TCTTTT	2	12	4194	4205	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	170016277
109	NC_010467	TTTA	2	8	4253	4260	25 %	75 %	0 %	0 %	170016277
110	NC_010467	TGT	2	6	4272	4277	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170016277
111	NC_010467	TGG	2	6	4338	4343	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	170016277
112	NC_010467	TCA	2	6	4368	4373	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170016277
113	NC_010467	GTT	2	6	4425	4430	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170016277
114	NC_010467	TAA	2	6	4574	4579	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_010467	ACA	2	6	4596	4601	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_010467	ATA	2	6	4618	4623	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_010467	TTG	2	6	4679	4684	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_010467	AGAACT	2	12	4721	4732	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_010467	TTAC	2	8	4748	4755	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_010467	TAT	2	6	4756	4761	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_010467	CAGA	2	8	4839	4846	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
122	NC_010467	AAC	2	6	4892	4897	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_010467	GTC	2	6	4938	4943	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_010467	AAT	2	6	4961	4966	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_010467	AAG	2	6	5028	5033	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_010467	AGAGA	2	10	5131	5140	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
127	NC_010467	AGA	2	6	5168	5173	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_010467	TCAAA	2	10	5271	5280	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_010467	AAAT	2	8	5334	5341	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_010467	TTG	2	6	5342	5347	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_010467	CTA	2	6	5393	5398	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170016278
132	NC_010467	AAC	2	6	5408	5413	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170016278
133	NC_010467	GAAA	2	8	5414	5421	75 %	0 %	25 %	0 %	170016278
134	NC_010467	A	6	6	5419	5424	100 %	0 %	0 %	0 %	170016278
135	NC_010467	A	6	6	5496	5501	100 %	0 %	0 %	0 %	170016278
136	NC_010467	TAT	2	6	5539	5544	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170016278
137	NC_010467	ATC	2	6	5560	5565	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170016278
138	NC_010467	TGA	2	6	5582	5587	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170016278
139	NC_010467	TAA	2	6	5631	5636	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170016278
140	NC_010467	ATTG	2	8	5652	5659	25 %	50 %	25 %	0 %	170016278
141	NC_010467	AGT	2	6	5688	5693	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170016278
142	NC_010467	TATT	2	8	5744	5751	25 %	75 %	0 %	0 %	170016278
143	NC_010467	GTT	2	6	5800	5805	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170016278
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151	NC_010467	TTA	2	6	6047	6052	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_010467	AAC	2	6	6083	6088	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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281	NC_010467	TGAAGT	2	12	10583	10594	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170016285
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415	NC_010467	TGA	2	6	17214	17219	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170016293
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417	NC_010467	GAT	2	6	17272	17277	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170016293
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419	NC_010467	GCA	2	6	17341	17346	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170016293
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423	NC_010467	AAC	2	6	17567	17572	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170016293
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431	NC_010467	A	6	6	17897	17902	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
432	NC_010467	TGT	2	6	17927	17932	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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434	NC_010467	TAA	2	6	17964	17969	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.